骨髓移植的风险是移植后的各种并发症，主要分为早期并发症和晚期并发症。早期并发症包括肝静脉阻塞、出血性膀胱炎、血栓性微血管病、感染、急性移植物抗宿主病等。晚期并发症包括间质性肺炎、甲状腺功能减退、生殖功能障碍、白内障、继发肿瘤、慢性移植物抗宿主病等，急性移植物抗宿主病发病率较高，是移植术后的严重并发症。症状有手足头颈部皮疹、肝功能异常、腹泻、血便、甚至肠梗阻等。