克隆人军团首次出现在星球大战前传二，电影中作为共和国军和分裂组织展开了长达三年的大战，战后又被重组成为了第一批帝国冲锋队。综合来说，不管是战斗力还是颜值，都妥妥的是星战第一男子天团。

产生

克隆人军团的构想是最初在一次政客会议上提出来的，当时共和国的危机已经初显端倪，于是一个政客达马斯克建议绝地大师赛福-迪亚斯以绝地武士团名义向卡米诺人订购一支以人类为模板的克隆人军队作为共和国的后备力量，然而这个政客达马斯克其实是达斯·西迪厄斯的师傅--达斯·普雷格斯。而且因为克隆人军团仅仅是作为共和国的一个后备力量，所以赛福大师并没有向绝地委员会报备，而在赛福大师订购完成之后便被灭了口，因此这件事除了西斯之后也便在无人知晓。

但是订单已下，卡米诺人按照要求以曼达洛人詹戈费特为模板建立克隆人军团，在进行克隆之时詹戈费特要求卡米诺人对他进行完全克隆，目的为了保持其顶尖的战斗力，可以说每一个克隆人都是一个曼达洛人，看过迪士尼最新美剧曼达洛人的应该都对这个种族的战斗力有了解。

卡米诺人在进行克隆人培育时对克隆人进行了基因修改以加速生长，并且保留了克隆人的部分自主意识以应对在战场是可能出现的各种意外，同时在克隆人成长过程中由詹戈费特进行指导进行各种战斗训练，并选出军官进行指挥训练，最后成型的克隆人军团成为了那个时代战斗力的顶尖代表。

战争

在詹戈费特刺杀帕德梅失败之后将欧比旺引到了卡米诺星，在哪里欧比旺发现了克隆人军团的存在，之后报备给了绝地委员会。而这时分裂组织在达斯西迪厄斯的命令下对共和国开战，前往吉奥诺西斯救援欧比旺的绝地武士们由被分裂组织的军队包围，如此情况下尤达大师带领克隆人正式参战。

绝地武士们纷纷被授予将军头衔，带领克隆人军队与分裂组织展开大战，这里插一句人家克隆人军团有自己完整的一套的指挥体系，绝地武士去瞎凑啥热闹啊，白白死了在战争中死了那么多绝地武士。总之克隆人军团在和分裂组织的机器军团的战斗中表现英勇且战斗力惊人，为共和国赢得了最后的战争。

绝地大屠杀

在克隆人战争的尾声，达斯西迪厄斯终于漏出了狐狸尾巴，温杜大师带领另外四名绝地大师前往逮捕达斯西迪厄斯，结果因为安纳金的背叛五位绝地大师全部被杀，之后达斯西迪厄斯下达了66号命令，前一秒还在和绝地武士并肩作战的克隆人军团下一秒就把枪口对准了绝地武士们。

除了战场上的倒戈一击外，在安纳金的带领下，克隆人军团第501军团对绝地圣殿发动了进攻，绝地圣殿被血洗，连孩子都没放过。经过这次绝地大屠杀之后两万人的绝地武士团仅剩百余名幸存者，而这些幸存者也遭到了达斯维达和帝国的血腥追剿，绝地从此销声匿迹。

军团覆灭

绝地大屠杀之后，达斯维达屠杀了分裂组织的所有领袖，关闭了机器军团结束了战争，而克隆人军团也被达斯西迪厄斯改组成了帝国冲锋队用来追剿绝地幸存者、镇压不服帝国统治的反抗组织。而卡米诺人在得知自己铸成大错之后，又打造了一批没有问题的克隆人军团和帝国开战，但是这次战争没持续多久就被镇压，卡米诺人被屠杀殆尽。

克隆人因为是通过加速生长制造的，寿命也只有正常人的一般，加上卡米诺人的叛乱，皇帝达斯西迪厄斯决定征召正常人类进入帝国冲锋队,最后随着克隆人的战斗减员和正常寿终正寝，强大的克隆人军团彻底被正常人类所替代，也就是我们所熟知的枪法感人的风暴兵。

关于66号命令

根据星球大战官方给出的解释，克隆人脑袋里一共植入了150条应急指令，而第66号指令就是绝地武士团集体背叛共和国，必须被消灭。