学校始建于1956年的粮食部南京粮食学校。1981年，南京粮食经济学院在原南京粮食学校的基础上建立。1993年，学校更名为南京经济学院。1999年，南京物资学校并入南京经济学院。2000年，南京经济学院、江苏财经高等专科学校、江苏经济管理干部学院三校合并，组建成新的南京经济学院。2003年，经教育部批准，学校正式更名为南京财经大学。2011年，江苏省人民政府与国家粮食局签约共建南京财经大学。