口袋妖怪火红和叶绿区别在于版本限定精灵，火红与叶绿分别有部分独占精灵，其他内容完全相同。火红版独占精灵：阿伯蛇、阿伯怪、走路草、臭臭花、美丽花、霸王花、可达鸭、哥达鸭、卡蒂狗、风速狗、大舌贝、铁甲贝、飞天螳螂、巨钳螳螂、电击怪、电击兽、乌波、沼王、黑暗鸦、千针鱼、信使鸟、盔甲鸟、攻击形态代欧奇希斯。

叶绿版独占精灵：穿山鼠、穿山王、六尾、九尾、喇叭花、口呆花、大食花、呆呆兽、呆河马、河马王、海星星、宝石海星、小鸭嘴火龙、鸭嘴火龙、大甲、露丽丽、玛丽露、玛丽露丽、梦妖、纽拉、铁炮鱼、章鱼桶、巨翅飞鱼、防御形态代欧奇希斯。