1. 云南哀牢山国家级自然保护区

　　2. 云南高黎贡山国家级自然保护区

　　3. 云南大山包黑颈鹤国家级自然保护区

　　4. 云南大围山国家级自然保护区

　　5. 云南金平分水岭国家级自然保护区

　　6. 云南黄连山国家级自然保护区

　　7. 云南文山国家级自然保护区

　　8. 云南无量山国家级自然保护区

　　9. 云南西双版纳国家级自然保护区

　　10. 云南西双版纳纳版河流域国家级自然保护区

　　11. 云南苍山洱海国家级自然保护区

　　12. 云南白马雪山国家级自然保护区

　　13. 云南南滚河国家级自然保护区

　　14. 长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*

　　15. 云南药山国家级自然保护区

　　16. 云南会泽黑颈鹤国家级自然保护区

　　17. 云南永德大雪山国家级自然保护区