先从字音说，令和今，前者是ling，后者是jin，声母韵母都不同。提问者之所以把这两个字联系在一起，其实还是受到了字形的暗示。字形相近，是关键。

字形：

令，甲骨文就是一个人在发号施令，指手画脚的样子：

甲骨文中，上面的部分，有人认为是房子，有人认为是木铎（铃铛），如果是房子，就是在房子下面发号施令，如果是木铎就是摇着铃铛发号施令。总之，都是命令的意思。令的第四五笔其实是“卩”，跪坐的人形。

今，文字学家们有个非常有趣的解释，根据古文字形认为今就是嘴里含着东西，既不吐掉也不吃掉，就含在嘴里，有滞留的意义，并且把跟今在语源上相关的字罗列了一下，比如陰（阴），不下雨是阴，不言为噤，不行为禁，咏叹为吟，常思为念，渐渍为涔，都有稽留的意味。用作今天的意思时，也是稽留不前进的意思。