接续的2代剧情，斜坡（主角）带的精锐佣兵小队摧毁了收集者和人类收割者幼体以后。

以先驱者为首的收割者舰队只能启航从未知空间航向银河系。首先就从巴塔瑞领地进入了银河系，巴塔瑞霸权舰队+巴塔瑞政权遭到毁灭性打击。。。。大部分巴塔瑞人被收割者转化成食人魔成了第一批收割者军队。接着收割者舰队直接进军了星联的总部--大角星空间站 星联舰队遭到重创。残存的星联舰队由哈科特上将整编以后，撤出了战场。收割者舰队直接打击了地球，安德森上将命令斜坡去神堡求援，自己则带领地球上的星联军队和收割者进行地面拉锯战。斜坡在火星上发现超级武器擎天炉蓝图。赛博勒斯为了获取蓝图叛变星联。同时收割者舰队分兵开始进攻突锐人，拥有银河最大规模舰队的突锐舰队誓死抵抗，斜坡在神堡开会以后，受命组建银河大联盟。同时地球舰队开始收集资源建造擎天炉。斜坡第一个任务就是救出突锐大统领，然后突锐大统领认为地面战必须有克罗根人的参与才能获胜。克罗跟人要求治愈基因噬体作为加入同盟的代价。斜坡携手莫丁治愈基因噬体（或者不治愈，取决你当时的选择））。克罗根人加入对抗收割者的联军，从而和收割者打成平手。同时人类在神堡的议员为了拯救地球的家园，被赛博勒斯利用，发动政变被斜坡阻止。在收割者入侵以前，奎利人发动了旨在夺回自己家园的魁罗奇战役。杰斯人在无奈之下，被迫接受收割者的提议，用收割者代码升级硬件，奎利人向斜坡求援，斜坡把杰斯人从收割者手中解放，奎利人最终和杰斯打成和解（或者被杰斯歼灭）。解决这事以后，阿萨丽人告诉斜坡，自己的母星上有超级武器擎天炉缺失组建催化剂的资料，斜坡到时发现阿萨丽母星被收割者攻陷，资料被赛博勒斯掌控，斜坡一怒之下通过努力找到赛博勒斯总部。在星联第五舰队的支援下，斜坡攻下了赛博勒斯的总部，结果发现作为催化剂的神堡被已经投降收割者的幻影人献给了收割者，被收割者放在了地球附近。于是所有的星际种族齐心协力，在斜坡的带领下打回了地球和收割者决战。最终结局根据你自己选的而定