坠机或失踪共六次，其中死亡空难共四次

1977年12月4日，一架波音737-200（注册编号9M-MBD）执行马来西亚航空653号班机时，在马来西亚柔佛州遭劫持，坠毁於丹绒古邦，机上100人全数遇难。

1983年12月18日，一架空中巴士A300（注册编号OY-KAA，租自北欧航空）执行新加坡飞往吉隆坡的马来西亚航空684号班机，在降落吉隆坡梳邦机场时因恶劣天气关系坠毁，所幸机长即刻反应和机场工人人员的协助下，无人遇难。

1995年9月15日，一架福克50（注册编号9M-MGH）执行马来西亚航空2133号班机，在斗湖降落时因机长判断错误坠毁，34人不幸遇难

2005年8月1日，一架波音B777-200ER从珀斯出发前往吉隆坡，期间飞行显示仪器发生冲突，显示飞机速度过低，之後飞机超速并出现失速，机长立即解除自动驾驶并紧急降落在珀斯，事件中无人受伤。

2014年3月8日，马来西亚航空370号班机（代码共享中国南方航空CZ748号班机），共有239人於凌晨0:43离开吉隆坡国际机场M号航站楼，原计划於6:30抵达北京首都国际机场，但两小时後在雷达中消。

2014年7月17日下午，编号为9M-MRD的波音777-200ER在执行阿姆斯特丹飞往吉隆坡的马来西亚航空17号班机时位於乌克兰顿涅茨克和卢甘斯克之间的色赫杰尔斯克镇上空(靠近俄罗斯边界10,058米高空)遭9K37 「山毛榉」地对空飞弹击落坠毁，机上283名乘客和15名机组成员悉数罹难。