《梅花档案》是根据张宝瑞小说改编的第一部悬疑谍战剧，《秘密列车》为第二部。《秘密列车》延续了《梅花档案》的悬疑风格，除了保留主角龙飞及其搭档肖克这两个角色外，《秘密列车》还启用《梅花档案》的原班人马：周杰继续饰演“龙飞”， 并由《梅花档案》的编剧傅琦然、汪亦升继续操刀改编成电视连续剧。 因为这些原因，尽管《秘密列车》没有命名为《梅花档案》第二部，但媒体及大众仍认为该剧是《梅花档案》的续集。

与《梅花档案》不同的是，《秘密列车》中的“龙飞”不再是公安局档案分局的文员，而是一位智勇双全的神探。

而《梅花档案Ⅱ》虽冠以《梅花档案》之名，主人公却与《梅花档案》不同，所在时代背景也不同，与《梅花档案》在剧情上并无直接联系。