2000年代，十分热爱数码兽、稍微有点率真，个性极普通的小学五年级男生松田启人设计出了一只数码兽，对他来说与朋友玩数码兽卡片游戏，上课时偷偷地把自己创作的数码兽画在笔记簿上，就是他最大的乐趣。启人某日竟偶然得到了一张能大大改变命运的，以往从未有人见过的不可思议的蓝色卡片——Blue card。因为对真正数码兽的无比向往，令他的刷卡器变成了真正的数码机——“D-Ark”，就在把蓝卡放进读卡机的瞬间，冒险之门已经打开了。启人与接着到访的命运拍档——基尔兽相遇，之后又认识了李健良和牧野留姬，他们遇到了自己的数码兽拍档，与来到现实世界的数码兽战斗。

最初的冒险在现实世界展开，然而数码世界四圣兽之一的朱雀兽为了保护他们的进化之光，不断派遣帝魔（十二只以中国生肖为原型的数码兽）来到现实世界，而后又把握有数码兽进化关键的古乐兽带走，启人一行人为了救它，带了博和、树莉以及健太，决定进入数码世界。在数码世界中，启人一行人又遇到了传说中的驯兽师——秋山辽。而后又遇到了被传送至数码世界的健良的妹妹——李小春。他们8个人在得到了四圣兽的认可后，带着古乐兽回到现实世界，然而，数码世界中“最强的敌人”——可以消除一切的数码死神侵略了现实世界，现实世界面临消失的危机，启人一行人经历了无数战斗，终于成功消灭了数码死神（帝厉魔)，拯救两个世界的危机。